Vor allem kann man auch die Zugriffsrechte recht einfach regeln. Einen Nachteil hat die Sache allerdings, wenn die Exe geöffnet ist, ist nichts mit einfach hinkopieren und fertig.
Das stimmt nicht (EDIT: zumindest nicht pauschal). Bei uns sieht das ganze auch so aus. Die Exe lässt sich auf dem Server normalerweise problemlos umbenennen. Man kann sie nur nicht löschen oder überschreiben. Deshalb sieht bei uns ein Update so aus, dass die Exe umbenannt und ersetzt wird. Die alte kann man dann später löschen.