Wenn die Serverkonfiguration im Verdacht steht, kann man ja einfach mal eine "Trockenübung" machen und die Daten zu Fuß runterladen, also mit
mySQL Client ohne EXE. Dürfte ja dann auch langsam sein.
Bliebe noch eine hohe Netzauslastung oder einige ungünstige Netzkonfiguration.