Wenn es nur darum geht ein paar Zeilen zu löschen und die Datei wieder wegzuschreiben, warum schreibst du nicht einfach die TStringList ohne die Zeilen wieder zeilenweise weg? Was anderes macht die doch intern logischerweise beim Speichern auch nicht.
Zudem wäre es denke ich sinnvoller per MMF zuzugreifen und die ganzen Inhalte gar nicht erst als Strings in den Speicher zu laden. Das zeilenweise Einlesen siehst du z.B. hier:
http://www.delphipraxis.net/151898-s...ei-reader.html