Du kannst mal bei deiner Form Folgendes einstellen und schauen, ob es dann geht.
Delphi-Quellcode:
{DeineForm.}PopupParent := Application.MainForm;
// bzw. dein MDI-Form
{DeineForm.}PopupMode := pmExplicit;
Alternativ kann man auch an Application.ModalPopupMode rumspielen.
[edit]
Timer sind bei der Fenstersteuerung ein blöde Angelegenheit.
Dann doch eher direkt auf die Fenster reagieren und es sofort machen.