Da muß ich dann "nur" noch schauen, ob/wie ich das dann dem PDF beim Einbinden des Bilds sagen kann, wie die Farbwerte zu interpretieren sind.
Du kannst ja vor dem Einbinden als letzten Schritt das Bild wieder in das übliche Format umwandeln. Dazu einfach einmal alle Farbwerte durch die Alphakomponente dividieren.