Ich bin der Meinung, dass Dein Problem daher rührt, dass du einen Timer benutzt und mit der GetMessage etc. arbeitest. Das ist meiner Meinung nach in Threads nicht so gut. Threads dürfen ja quasi still stehen. Sie sind ja von Haus aus von der Applikation getrennt. Ich habe damit nur ins blaue geraten, da du ja quasi nur die Seite des Threads zeigst.
Ich würde es zumindest mal in dieser Richtung probieren und schauen was passiert

Gruß, Chris