Meistens ist dabei der Fehler, dass man den Ausgabepfad verändert hat und dabei vergessen hat die plattformspezifische Angabe wieder einzubauen...
Richtig:
.\$(Platform)\$(Config)
Falsch:
.\Output
Denn wenn man $(Platform) nicht dabei hat, landen die DCUs für beide Plattformen im selben Ordner. Das gibt dann logischerweise Probleme.
Wo genau klickt man den?
Projekt --> "Projektname" erzeugen
Oder Shift + F9.