Wie ich schon schrieb:
Ich selbst habe das in meinem (leider nicht mehr weiterentwickelten)
in die Anwendung integrierten Updater so gemacht, dass diese kein Adminmanifest enthält, sondern sich selbst als Admin neu startet, aber selbst weiter läuft. Die Admininstanz benennt die Exe nur um, legt die neue Version dort hin und diese wird dann von der ursprünglichen Instanz ohne Adminrechte wieder im selben Benutzerkontext gestartet. (Dann wird die ursprüngliche Instanz beendet und die Admininstanz löscht die umbenannte alte Version.)
Normale Installer machen das natürlich anders, diese ermitteln den Benutzerkontext und starten die Anwendung mit diesen Privilegien. In Inno Setup solltest du sehen können wie das geht, das ist ja Open Source.
Wie diese Installer das machen, weiß ich selbst nicht genau. Es gibt zwar CreateProcessAsUser usw., aber damit habe ich mich nie beschäftigt...