Möglich, dass die Unterverzeichnisse in ProgramData nicht korrekt angelegt werden (nach der Installation wird das Programm automatisch gestartet und die Verzeichnisse werden via ForceDirectories erzeugt).
Legt denn das Setup das erste Unterverzeichnis unterhalb ProgramData an und vergibt dafür auch die nötigen Rechte? Die Anwendung selbst wird ja wohl nicht als Admin laufen und kann per Default (wenn das Setup nicht vorgesorgt hat) nicht in ProgramData schreiben. Wenn damit dann weitere Unterverzeichnisse und Dateien angelegt werden, schlägt die Virtualisierung zu und ein nachfolgender Aufruf von Setup wird diese Verzeichnisse dann nicht finden.