Hi,
erstmal würde ich über Knoppix alle Daten sichern (u.U. eine neue Partition mit den Tools erstellen). Danach würde ich mir wirklich mal die autoexec.bat und die boot.ini ansehen (beides versteckte Systemdateien). Auffällige Programm sollten dann auskommentiert werden (mit
rem in der autoexec.bat).
Im Notfall einfach mal XP neudrauf machen...
Chris