Wir haben hier ToDoList (
http://www.chip.de/downloads/ToDoList_13008718.html) und Jira im Einsatz.
Jira Richtung Kunden um nach einer Erstbeauftragung gegenüber den bisher üblichen Excel-Listen nur noch ein Quelle mit aktuellen Stand von Features/Anfragen/CR's/... zu haben.
ToDoList intern um die Projekte/Aufträge in Handliche Arbeitspakete zu erlegen.