Das, was jfheins gesagt hat, und vielleicht hilft es, wenn du dir bewusst machst, dass Zeit auch eine Dimension ist. Das heißt, eigentlich suchst du eine Route durch eine dreidimensionale (wenn deine Karte zweidimensional ist, wovon ich ausgehe) Punktwolke (die sich als Graph darstellen lässt).
Das Ganze kann man vereinfachen. Die Position der Haltestellen ist eigentlich egal, nur die Zeit (und evtl. der Preis) zwischen den Stationen ist interessant.
Die Zeit würde ich auch als Kopien der Haltestellen modellieren.
Für jeden (diskreten) Zeitpunkt, z.B. in Minutenauflösung, gibt es eine Kopie von jeder Haltestelle. Jede Haltestelle hat eine Kante zu ihrer Kopie im nächsten Zeitschritt (eine Zeiteinheit als Kosten).
Außerdem besitzt sie Kanten zu den nächsten Haltestellen in den Linien zu der jeweils geplanten Ankunftszeit. Die Kanten-Kosten sind die Fahrzeiten.
Um den schnellsten Weg zu finden lassen sich dann klassische Algorithmen anwenden (z.B. Dijstra).
Das sollte eine geeignete Basis für weitere Verbesserungen sein, z.B. Duplizierung aller Haltestellenknoten als Ankunfts- und Abreiseknoten, um Unsteigezeiten zu berücksichtigen.
Auch wenn die oben definierte Graphen theoretisch unendlich sind (angenommen die Zeit endet nicht), kann man praktisch annehmen, das niemand mehr als drei Tage auf einer Strecke fährt und damit die Anzahl der Knoten auf gut handhabbare Größen begrenzen