Ich vermute mal, dass es bei MD4 (zwar selten bis fast nie aber) öfter zu einer Kollision kommt - sprich Hash(A) == Hash(B).
Man hat für MD5 auch Kollisionen gefunden bzw es gibt soweit ich mich recht entsinne, Methoden, eine Kollsion speziell für einen Datenstrom zu finden.
Wie dem auch sei, ich schätze, sofern es dir um die Eindeutigkeit geht, müsstest du da großen Wert drauf legen.
Ich kann dir aber leider nicht sagen, welcher Hashing Algorithmus da in dieser Hinsicht am besten ist.
Edit: Kuck mal
hier