Ja, das scheint allgemein die Hauptmotivation für Jobs zu sein - Die Verteilung über mehrere Prozessoren, Größe des Working Set und ähnliches steuern.
Einen weiteren Vorteil, der genau auf meine Zwecke passt, hat es weiterhin: Packt mein Hauptprogramm neue Prozesse in den entsprechend eingestellten Job, endet aber später auf x-beliebige Weise, kümmert sich Windows um das Beenden aller Prozesse, die noch im Job stecken. Das ist eigentlich eine tolle Sache.
Weiterhin kann man sich über bestimmte Ereignisse, wie das Beenden eines Prozesses oder das Überschreiten einer bestimmten Systemauslastung informieren lassen.
Interessant ist auch, dass sich die Sache mit Windows 8/Server 2012 nochmal stark ändert, ab da können Prozesse sogar in mehreren Jobs gleichzeitig stecken. Dafür sehe ich spontan aber weder Verwendung noch Sinn
Mein ursprüngliches Problem habe ich auch gelöst, ich hatte nicht gemerkt, dass Anwendungen, die über den Windows Explorer gestartet werden, schon direkt in einen Job gepackt werden. Startet man die Anwendung über die Eingabeaufforderung, passiert das ulkigerweise nicht!