Für jedes Plugin ein eigener Prozess ist denke ich auch die beste Lösung.
Das
Handle zu finden, ist die eine Sache, aber dafür müsstest du auch wissen was das Plugin alles geöffnet hat, sonst schießt du vielleicht dem falschen Plugin etwas ab. Besser wäre da, wenn das Plugin alle diese Handles direkt an dich zurückliefert. Mit CloseHandle solltest du die schließen können. Als Alternative kannst du auch eine Pluginfunktion schreiben, die das Abräumen basierend auf diesen Daten erledigen muss, sprich du lädst das Plugin wieder und bittest es dann die letzte Instanz anhand dieser Daten (die du ja noch hast) aufzuräumen.