Also ich würde ein
Mini-ITX-Motherboard (170 mm × 170 mm) verwenden.
z.B. das hier:
http://www.asrock.com/mb/VIA/PV530-ITX/
gibt es schon um die 43 Euro inklusive VIA PV530 Processor (1.8 GHz).
Der parallel und serielle Port ist für deine Zweck überflüssig, aber die kannst du ja im Bios abschalten.
Leider hat es auch noch einen Prozessorlüfter; passive Kühlung wäre leiser.
Es gibt auch noch das kleinere Nano-ITX-Format, aber die sind wohl deutlich teurer.
Du brauchst zusätzlich noch DRAM, Netzteil, Kabel (SATA) und Gehäuse...
Oder vielleicht das hier:
http://www.reichelt.de/Mainboard-Min...INT+BOXD2500HN mit Intel Atom D2500 für 60 Euro?