Die Frage ist eigentlich: Womit kennt sich der Admin besser aus?
Ich würde mir persönlich nie einen Apache ans bein Binden, weil ich meinen IIS aus dem FF konfigurieren kann, und mit der ApplicationHost.config und den Web.configs deutlich flotter unterwegs bin als mit den riesigen, undurchaubaren Apache-Configs. Zumal ich nicht garantieren kann, dass ich den auch 'sicher' konfigurieren kann und keine Sichertheitslöcher aufreisse. Zudem gibts für die einfachen Tasks da auch ein gescheites
GUI.
Genauso würde ich aber einem Apache-Admin nie empfehlen, den IIS zu nehmen, wenn er sich nicht 100% sicher ist, was er da tut.
Das kommt also letzen Endes auf die Skills von demjenigen an, der das System betreuuen muss.