Zusätzlich ist da aber auch noch was mit Little und Big Endian zu berücksichtigen
Richtig, aber eine weitere (eher wahrscheinlichere) Inkompatibilität ist die auf beiden Seiten unterschiedliche Gewinnung des Schüssels aus dem Passwort.
Dazu kommen noch eventuell unterschiedliche Paddingversion bei CBC, wenn die Textlänge kein Vielfaches der Blocklänge ist.
Außerdem muß ein IV 16 Bytes lang sein, da ist mit 8 Zeichen des Base64-Strings nichts zu machen.