Unter Umständen gibt es dabei den von Dir erwähnten Pixelfehler. Dieser tritt aber in der Regel nur bei älteren IE-Versionen auf. Hast Du Dein Programm in der Registry "freigeschaltet"?
Ich habe Windows 7 mit IE9 und das Programm ist in der Registry freigeschaltet. Na ja, schade, aber nicht so schlimm.
Google gibt etliche Treffer in bezug auf DOCTYPE-Deklarationen, die nötig sind. Das wird doch aber sicherlich von Dir schon gemacht, oder?