Am sinnvollsten ist diese zusätzlichen Daten getrennt von der eigentlichen Datei in einer Datenbank abzulegen oder als gleichnamige Datei mit anderer Endung abzulegen, je nach Anwendungszweck.
Meiner Erfahrung nach handelt man sich damit einen höheren Verwaltungsaufwand und dadurch auch potentielle Probleme ein.