Im Explorer ein paar Verzeichnisse markieren und dann
SVN > Löschen ... da kann man zwar noch zugucken (schafst geschätzte 100 Dateien die Sekunde)
Aber lösch' die Dateien mal im Explorer, dann markier mal die "fehlenden" Dateien im Änderungsprüfdialog und sag dort "löschen" ... also das dauert ewig.