Mit Junctions kann man die automatische Verteilung von Dateien auf die Laufwerke nicht lösen. Dann musst du wohl ein übergreifendes Laufwerk nutzen.
Nebenbei:
Ich mache es eher umgekehrt und sortiere thematisch in Partitionen.
Und zur Zusammenfassung benutze ich relativ intensiv die Bibliotheken oben links im Windows Explorer. Da ist das sehr übersichtlich zusammengefasst, verwaltbar und trotzdem einzeln zugreifbar.
Ab Windows 8 kannst du sehr viel schöner die Storage Spaces nutzen. Die machen denke ich genau was du möchtest.