Habe es nun wie folgt mit AJAX gelöst:
Ich rufe aus dem Javascript das PHP-Skript mit einem "Function"-Parameter auf.
In dem PHP-Skript lese ich den "Function"-Parameter aus und starte die übergebene Funktion.
Klingt gefährlich. Lege auf jeden Fall eine Whitelist an und erlaube nur Funktionen, bei denen du sicher bist, dass sie keine bösen Nebenwirkungen haben können.