Wenn du solche Ansprüche hast, wirst du wohl für jedes Setup eine entsprechende Behandlung implementieren müssen (bzw. in einer Datenbank speichern, die dein Programm zur Behandlung eines Setups benutzt). Denn wenn du willst, dass dein Programm bestimmte Fragen der Setups automatisch beantwortet (z.B. nach einem Neustart), dann muss dein Programm ja wissen wo es einen Klick simulieren muss...
Nur mal als Beispiel fallen mit die AllInOne Treiber Setups zu Mainbords, wo alle relevanten Treiber für sich oder als Paket installiert werden können, und diese starten das System in der Regel mehrmals. Und wenn die es können, werde ich es wohl auch können, oder?
Was hast du für Mainboards? Ich habe noch nie erlebt, dass mehr als ein Neustart am Ende notwendig war.
Aber wie dem auch sei: Die Setups hinterlegen wie gesagt entsprechende Autostart-Einträge. Diese führen dann zum Neustart des Setups nach dem Neustart des Systems.