Ich habe es noch nicht weiter ausprobiert, aber das Problem liegt wohl an dem "schnellen Herunterfahren" . Ändert man diese Option aber, wird (wohl) gar nicht mehr heruntergefahren, solange Anwendungen - vielleicht auch bestimmte Prozesse - noch am Laufen sind ...
Welche Option meinst du? Was stellst du wo ein?
Hast du AutoEndTasks in der Registry gesetzt? Dann werden Prozesse ggf. einfach abgeschossen, die Einstellung macht daher hier keinen Sinn.