Zur Datei wird nur der Startcluster und die Dateigröße gespeichert.
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Anders ist das eben bei den Sparse Files und den Compressed Files, wo auch noch die Größe der einzelnen Blöcke gespeichert wird.
Bei NTFS gibt es noch eine andere Variante für sehr kleine Dateien. Die können nämlich durchaus zusammen mit den Metadaten gespeichert sein. Aber im Großen und Ganzen stimmt deine Aussage.