Eine vielleicht etwas dumme Frage aber: Muss die Datei denn am Clusteranfang anfangen? Kann da nicht das erste Zeichen ungenutzt bleiben und der Dateiinhalt fängt dann erst beim 2. Zeichen an?
Nein.
Um mein Problem etwas genauer zu beschreiben:
Ich möchte eine Art Archiv machen, also eine Datei in der mehrere Dateiinhalte hintereinander stehen. Ich weiß jetzt aber nicht, was ich machen soll, wenn ich eine Datei aus dem Archiv löschen will. Denn ich möchte die Größe des Archivs nicht einschränken, das soll ruhig mehrere Gigabyte groß werden können und das wird es in der Praxis auch. Aber wenn ich dann nur eine einzige Datei lösche die eher am Anfang des Archivs steht, kann ich doch nicht den ganzen Dateiinhalt kopieren. Ich kann den Benutzer doch nicht nach jedem Löschvorgang 2 Minuten warten lassen...
Sekunde, du hast ein Archivformat in dem die Dateien wie genau angeordnet sind?
Normalerweise wäre der erste Schritt die "Verzeichniseinträge" zu löschen, also die Verweise auf Daten im Archiv. Danach könntest du verwaiste Daten in einem Rutsch löschen und das Archiv neu aufbauen.
Sprich: unter normalen Umständen entfernst du nur den Verweis.
Alle paar x-Male oder wenn eine bestimmte Kenngröße erreicht ist, rekonstruierst du das Archiv ohne die verwaisten Daten und hast so ein konsolidiertes Archiv.
Beispiele für Programme die das so machen sind Mailprogramme ala Thunderbird ("Verzeichnis komprimieren") und TrueImage ("Backuparchiv konsolidieren").