CMD ist nicht administratorgeeignet.
Wenn man eine BAT/CMD als Administrator ausfürht, dann wird das Arbeitsverzeichnis auf C:\Windows oder war's C:\Windows\System32 geändert.
Relative Pfade haben da keinen guten Stand mehr.
Schreib mal Folgendes am Anfang deiner Batch:
(funktioniert nicht mit Netzwerkpfaden)