Meinst du die
UAC Aufforderung?
// EDIT:
Ich glaube ich weiß jetzt was du meinst. Ich glaube du hast schlicht deinen Windows Explorer falsch konfiguriert...
Die Einstellung "Geschützte Systemdateien ausblenden (empfohlen)" sollte man unter Windows 7 niemals deaktivieren. Das hat unter XP noch einen Nutzen gehabt diese zu deaktivieren, weil dort auch Dateien dadurch ausgeblendet wurden, die man evtl. sehen wollte.
Unter Windows 7 hingegen fallen diese Dateien nun alle unter die "normal versteckten" Dateien, so dass es reicht diese einzublenden.
Wenn du dieses Häkchen dennoch deaktivierst, bekommst du zusätzlich nur Junctions usw. zu sehen, die eben nicht funktionieren und das auch gar nicht sollen. Die sind nur aus Kompatibilitätsgründen da, können aber nicht direkt genutzt werden. Wenn du die sehen willst, musst du auch damit leben, dass die eben nicht funktionieren. (Ich sehe allerdings keinen Grund warum man die sehen wollen würde...)