Schnittmenge von mehreren Mengen ermitteln

[BUG]

Bei Sprüngen würde ich mit Memory Mapped Files arbeiten. Damit überlässt du das Lesen aus der Datei dem Betriebssystem und das ist ein Bereich, in den die Betriebssystemler ewig rumoptimieren. Davon kannst du nur profitieren.
Deshalb könnte das auch einen Geschwindigkeitsschub geben, wenn du einen Ansatz ohne Sprünge wählst.

Ich persönlich würde allgemein einen der Ansätze wählen, die die Dateien gleichzeitig fortlaufend durchgehen.

Aber mit den fortlaufenden Zahlen könntest du den Aufwand vermutlich auf die Größe der kleinsten Datei drücken, mehr Informationen (oder vielleicht ein Beispiel) wären schön.