Moin,
mit der Schnittmenge aus 500/2.000/30.000/5.000.000 Elementen bzw. Datensätzen s
Ist es immer so, dass die einzelnen Dateien so unterschiedlich groß sind? Und dass vor allem immer eine Datei dabei ist, die in Relation so klein ist? Wenn ja, dann ist der Ansatz mit der binären Suche sicherlich nicht verkehrt.
Größenunterschiede sind wahrscheinlich. Im unwahrscheinlichen Fall ist die Anzahl der Elemente mindestens einer Menge nahezu sicher < 1.000.