Das ist ein neues verhalten (ich glaub auch das hatten wie vor Kurzem schonmal).
Es werden alle Fenster immer vor der "MainForm" dargestellt.
Bei MainFormOnTaskBar=False wird dann quasi nicht die MainForm, sondern das versteckte
Application-Form genutzt.
Gesteuert werden soll das Ganze aber auch
{TForm.}PopupParent
, welches du testweise z.B. mal auf Application setzen könntest.