Beim Kauf werden die SN in einer
DB gespeichert (Kundenprofile) und beim Aktivieren wird geschaut ob die SN gültig ist und für was sie dort eingetragen wurde.
Halte ich auch für das Sinnvollste. Das hindert Nutzer mit einer falschen/gesperrten SN überhaupt etwas herunterzuladen und schränkt die Generierung der Seriennummer unter Sicherheitsaspekten nicht ein.
Es wäre vermutlich trotzdem sinnvoll, im Programm nochmal zu gucken, ob die Seriennummer für die richtige Version ist. Siehe dafür auch in die etlichen 
Kopierschutz-Threads.