Hast du Mausevents, OnIdle oder so etwas benutzt?
Wie sieht es mit der CPU-Auslastung aus, korreliert die mit der Langsamkeit?
Ansonsten Standardlösung:
Alles ausbauen bis es nicht mehr auftritt.
Denn eine leere Standardanwendung hat das Problem ja z.B. nicht.