Es könnte auch am Dateisystemcache des Apache liegen.
Es gibt da irgendwo einen PHP-Befehl, um Diesen zu leeren. (aber sei sparsam mit sowas)
Also nach dem Erstellen der Datei.
Ich verstehe da den Zusammenhang mit dem Cache noch nicht, da die richtige Dateigröße ja nach dem zweiten Mal ausführen richtig von filesize zurückgegeben wird.