Prüfen, ob VirtualStore aktiv ist

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Im Prinzip reicht es auch aus "Themes" zu aktivieren.
Dadurch wird ein Manifest in die App gelinkt.
Dieses verhindert dann auch die Virtualisierung.

Diese "RedirectionActive" Prüfung halte ich für gefährlich.

Unter Windows 7 ist diese IMMER aktiv, wird aber abhängig von verarbeitenden Programm nicht angewendet. Bestimmt lässt Sie sich auch abschalten, was weitere Probleme für die Erkennung machen würde. Hinzu kommen noch die Kompatibilitäts-Modies. Kurz um, du kannst das nie mit Sicherheit sagen ob die an ist, ob die an war.

Ich denke euer Problem ist wie folgt zu umschreiben:
Wir haben eine nicht kompatibles Programm gehabt, damit ist das Kind in den Brunnen gefallen.
Nun haben wir eine kompatible Software und wollen den Fehler von damals beheben und die Kundendaten retten (, bei der neu Installation).

Da der Installationsort durch den Kunden geändert (in vielen Setups möglich) werden kann, müsstest du die Installation-Position vom alten Setup ermitteln.
Dann müsstest du in jedes Benutzerprofil schauen und deine Datei dort mit Hilfe des ermittelten Ordner suchen.
Wenn du das im Setup machst, dann hast du die erforderlichen Rechte dazu.
Das muss vor dem Deinstallieren der alten Version passieren. Sonst ist ja der Ordner nicht mehr zu ermitteln.
D.h. aber auch, dass du das nicht beim Programmstart machen kannst, sonst müsstest du jeden VirtualStore-Ordern des aktuellen Nutzers durchsuchen. Da das alte Setup zu dem Zeitpunkt dann weg ist, kann der Ordner nicht ermittelt werden. Auf anderen Nutzer hast du dann keinen Zugriff.