Der Artikel bringt vielleicht etwas Licht ins Dunkel bei den .THEME-Dateien:
http://www.codeproject.com/KB/miscctrl/uxtheme.aspx
Das sind wohl eigentlich INI-Dateien, wo zwar auf die Aero.msstyles verwiesen wird, aber auch noch andere Infos, wie Bildschirmhintergrund und Mauszeiger festgelegt werden.
Vielleicht ist Dir das ja noch ein Ansatzpunkt, Deine Suche noch mal in eine andere Richtung zu gestalten? Irgendwie müsste das ja bestimmt gehen...