Richtig, Systempartition ist die erste und aktive Partition, unter Win aber net sichtbar.
Ein Backup hast du sicher grad net zur Hand? Du könntest natürlich mit ner LiveAntivirenCD, zb. Avira, dein System überprüfen und ggf. reparieren lassen. Aber wenn das System wirklich durch einen Virus kompromittiert wurde, wäre es das beste ein neues System aufzusetzen.
Avira AntiVir Rescue System