Das große Problem ist tatsächlich, wenn man Sequenzen hat, die als Teilsequenzen in einer größeren wieder auftauchen. Das ist ein Standardproblem, z.B. in der Genetik und ein weites Forschungsfeld. Letztlich ist eine visuelle Kontrolle immer ein sehr gutes Hilfsmittel. Ein hier verwendetes Verfahren nennt sich Dot-Plot und sollte nicht mit der gleichnamigen Darstellungsmethode verwechselt werden. Ein paar Algorithmen und Spielzeuge hierzu findest du bei mir unter:
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Hintergrund und Algos
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Software zum Ausprobieren
Für numerische Sequenzen gibt es eine sehr gute Arbeit von Marwan und Co.:
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Recurrence plots
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Graphische Darstellung
Ist vermutlich nicht genau das, was du suchtest, aber vielleicht etwas zum weiter drüber nachdenken/nutzen...
Jan