Ich habe keine Antwort zu dem Phänomen, aber man sollte bei der Frage/Diskussion unterscheiden, ob man über (veraltete) Statistiken spricht, oder
SQL Aggregat Ergebnisse. (Letzteres meint natürlich kein
SQL auf eine Statistik Tabelle sondern auf Echtdaten). Letztlich wäre es ja auch erbärmlich, wenn ein Sum, AVG, Count, ... nur immer ungefähr stimmt. Dann kann ich auch Karteikarten zählen.
Bin kein
MySQL Spezi, als Hinweis kann ich lediglich noch liefern, dass es einige Stellen gibt, wo
mySQL mit den Default Einstellungen etwas unsauber/faul (damit schneller) ist. Hab z.B. sowas mit "Group by " im Kopf, das würde bei einem Count(*) mglw. ja unter der Haube auch passieren. Neuere Versionen haben den Default evtl auch schon entsprechend "korrigiert".
Also ich würde mal nach entsprechenden "mach es exakt" Schaltern suchen.