In meinen Augen auch, aber ich habe schon beobachtet, dass einige Softwarehersteller diese Unart in den letzten Jahren übernommen haben, vor allem Microsoft. Ich denke es hat mit solchen Usern zu tun wie mit dem im Eingangspost genannten – die Stellen zwar wahrscheinlich die Minderheit dar, aber bei entsprechender Verbreitung der Software kommen da dennoch einige Zusammen. Wenn auf dem Button klar „Speichern“ drauf steht ist eindeutig klar, was passiert, wenn ich diesen Button drücke, während man bei „Ja“ erst mal überlegen muss, worauf sich das „Ja“ bezieht. Für einen halbwegs intelligenten Menschen mit grundlegendem Textverständnis sollte das kein Problem sein, aber...
Besonders schön, wenn man sich dann an die Frage "Möchten Sie speichern?" gewöhnt hat und dann andere Programme plötzlich ankommen und fragen "Möchten Sie wirkliche alle Änderungen verwerfen?". Das Ja/Nein ist hier einfach nicht so schnell zuordnenbar und führt potentiell zu Fehlern. Bei "Speichern" / "Nicht speichern" ist die Sache hingegen sofort klar. Auch wenn die Frage vielleicht anders formuliert ist, wird der User aufgefordert zu sagen, was er nun tun möchte ("Task oriented").
Gibt natürlich auch Fälle, z.B. in Form von Rückfragen, wo es mit "Ja/Nein" schon eindeutiger ist, beispielsweise eine Rückfrage nach dem Klick irgendwo auf "Löschen".