Ja klar, das Häkchen ist gesetzt. Wenn ich das Projekt dann erzeuge und in den Projektoptionen oder im Explorer nachschaue steht die Build-Nummer immernoch auf 0.
Probiere mal erst Shift+F9, dann abspeichern und dann nochmal Strg+F9. Dann sollte die Nummer um eins erhöht sein, so habe ich das bis jetzt immer unter Delphi 2010 gemacht.