Wird bei jeder ander Lösung genauso kommen können, denn Verschlüsselung mag für manche Virenprogramme ein Indiz auf Trojaner sein (evtl. gibt es einige die verschlüsselt im Umlauf sind).
Was willst du eigentlich erreichen? Was denkst du das in deiner Exe so geheimnisvoll wichtig wäre das man sie verschlüsseln müsst. Evtl. reichen ja auch bordmittel aus die relevanten teile zu verschleiern.