Gerade Firebird hat (im Gegensatz zu z.B.
mySQL) eine sehr gute BLOB-Performance.
In manchen Blogs wird sogar behauptet, Firebird sei in manchen Fällen sogar schneller als das Dateisystem.
Warum der Reader deine PDFs nicht mehr lesen kann, verstehe ich nicht so ganz.
BLOBS sind rein binäre Daten, die Datei-Endung oder was für einen MimeTyp man darin speichert ist völlig egal.
Was rein geht, wird nicht verändert, binär halt.
Evtl. ein Fehler beim Speichern der PDF in den BLOB in deiner Applikation?