Defragmentiren kopiert nur Blöcke auf der Festplatte um, davon geht kein Block verloren. Allerdings könnte dieses ein Zeichen dafür sein, dass Deine Festplatte schon einige defekte Spuren/Blöcke hat und die beim Kopieren als gesperrt markiert werden. Da Blöcke erst dann weniger werden, wenn die internen Reserveblöcke alle verwendet werden, würde ich doch dringend über ein komplettes Backup nachdenken.
Ich musste das gleiche Problem auch schon bei C feststellen und das obwohl ich mein System erst vor kurzen neu aufgesetz habe. Backup habe ich schon gemacht.