FreeDos wurde von vielen verschiedenen Leuten programmiert un auch mit verschiedenen Compilern erstellt.
Geb uns doch am besten ein Beispiel, welche Datei du genau kompilieren willst.
PS:
Zum Thema MAKEFILE oder ähnlichem. Ungefähr in jedem zweiten Ordner ist ein MAKEFILE und/oder eine .BAT-Datei zum erstellen.
[EDIT]
Für FreeCOM (die command.com), Kernel und einige andere wird Turbo C++ version 1.01 empfohlen.
Den gibts kostenlos im
Borland Museum 
Ach ja... und
NASM
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