Ich glaube nicht, dass
mySQL das "prüft". Wenn es PK Verletzung gäbe, würde es halt krachen.
Replace in Kombi mit Local ohne PK aus den Importwerten ist vlt. problematisch. Entweder mal auf dem Server probieren, also ohne local oder als PK eine (oder mehrere) Spalten aus den Importwerten verwenden oder Replace weglassen.