Hier musst du dann einen Parameter /silent oder eben /auto benutzen. Das geht nicht anders. So machen das auch andere Programme. Du hast also schon den richtigen Weg.
Wenn der Benutzer deine Option zum in den Autostart legen nicht nutzen möchte, muss er halt damit leben, dass es nicht richtig funktioniert.
Das in FormActivate zu packen ist allerdings haarsträubend.
Sowas gehört in den Projektquelltext (Projekt in der Projektverwaltung anklicken --> Strg + V oder Rechtsklick drauf und "Quelltext anzeigen"). Und wenn das benutzt wird, erzeugt man das Formular gar nicht erst...