Es lag daran, dass wir per Remote-Desktop auf dem Server waren und das lokale CD-ROM-Laufwerk frei gaben. Als wir die CD direkt im Server eingelegt haben, hat es dann auch funktioniert.
Falls ihr noch länger D2006 verwenden wollt (würde euch zu Update raten): Macht eine Kopie der CD/DVD. Diese scheint langsam kaputt zu gehen.