JTAG sollte eigentlich ein Standard sein, welcher überall funktioniert. Allerdings denke ich, dass die Hersteller ihre Adapter nur für Ihre IDEs machen.
Leider ist dem nicht so. Die Beschränkungen sind sowohl seitens der Adapter selber, seitens ihrer Softwareunterstützung, aber auch auf Seiten der zu debuggenden Hardware. Die Pinbelegungen sind dann anders, einige Signale können anders sein und die Protokolle eben auch. Leider. Mit etwas Gefummel scheint aber generell ein Minimum an Kompatibilität gegeben zu sein.